제1조 (설치)
국방부와 그 직할기관 및 부대에 근무하는 군인 및 군무원에 대한 범죄수사 등에 관한 업무와 각군 헌병업무중 국방부장관이 명하는 업무를 관장하기 위하여 국방부장관소속하에 국방부합동조사단을 둔다.
제2조 (임무)
국방부합동조사단은 다음 각호의 임무를 수행한다.
1. 국방부와 그 직할기관 및 부대에 근무하는 군인 및 군무원에 대한 범죄의 수사 및 예방과 범죄정보 업무
2. 각군 헌병업무중 국방부장관이 명하는 업무
3. 각군중 2 이상의 군에 관련된 범죄의 수사
4. 군관련 중요사고 속보의 접수 및 처리
5. 군관련 중요사건의 분석 및 대책의 수립
6. 군관련 범죄의 수사 및 예방을 위한 관계기관과의 협조
7. 부정군수품의 단속
제3조 (단장등)
①국방부합동조사단에 단장 및 부단장 각 1인을 두되, 단장은 장관급 장교로, 부단장은 영관급 장교로 보한다.
②단장은 국방부장관의 명을 받아 소관사무를 통할하고, 소속직원을 지휘ㆍ감독한다.
③부단장은 단장을 보좌하며, 단장이 부득이한 사유로 직무를 수행할 수 없을 때에는 그 직무를 대행한다.
제4조 (하부조직)
국방부합동조사단에 필요한 부서를 두되, 그 조직 및 사무분장에 관한 사항은 국방부장관이 정한다.
제5조 (정원)
국방부합동조사단에 두는 군인 및 군무원의 정원은 국방부장관이 정한다.