제1조 (설치와 임무)
① 전략적ㆍ작전적 공중위협을 감시하고 복합ㆍ광역 다층 미사일방어 및 지역방공 임무를 수행하기 위하여 공군에 공군미사일방어사령부(이하 “사령부”라 한다)를 둔다. <개정 2022. 4. 1 .>
② 사령부는 예속부대(隸屬部隊) 또는 배속부대(配屬部隊)에 대한 작전ㆍ훈련과 군 행정에 관한 사항을 관장한다.
제2조 (관할구역)
사령부의 작전ㆍ훈련 관할구역은 공군작전사령관이 정하고, 군 행정 관할구역은 공군참모총장이 정한다.
제3조 (사령관 등)
① 사령부에 사령관, 부사령관 및 참모장을 둔다.
② 사령관은 공군의 장성급(將星級) 장교로, 부사령관은 공군의 장성급 장교 또는 영관급(領官級) 장교로, 참모장은 공군의 영관급 장교로 보(補)한다. <개정 2017. 9. 5 .>
제4조 (사령관 등의 직무)
① 사령관은 공군작전사령관의 명을 받아 사령부의 업무를 통할(統轄)하고, 사령부의 예속부대 또는 배속부대를 지휘ㆍ감독한다.
② 부사령관은 사령관을 보좌하고, 사령관이 부득이한 사유로 직무를 수행할 수 없을 때에는 그 직무를 대행한다.
③ 참모장은 사령관을 보좌하고, 사령관의 명을 받아 참모업무를 조정ㆍ통제한다.
제5조 (군기 유지)
사령관은 제2조에 따라 공군참모총장이 정하는 관할구역에 있는 공군부대(공군참모총장이 특별히 지정하는 공군부대는 제외한다)의 군기(軍紀)를 유지ㆍ단속한다. <개정 2018. 12. 4 .>
제6조 (군사상의 긴급조치 등)
① 사령관은 군사상 또는 재해상 긴급한 조치가 필요한 경우에는 제2조에 따라 공군작전사령관이 정하는 관할구역에 있는 부대로서 예속부대 또는 배속부대가 아닌 부대를 일시적으로 지휘ㆍ감독할 수 있다.
② 사령관은 제1항에 따라 예속부대 또는 배속부대가 아닌 부대를 지휘ㆍ감독한 경우에는 지체 없이 그 경위를 공군작전사령관에게 보고하고, 해당 부대의 상급부대 지휘관에게 통보하여야 한다.
제7조 (사령부 이동의 사전 승인)
사령관은 군사상 또는 재해상의 필요에 의하여 사령부를 이동하려는 경우에는 미리 공군작전사령관의 승인을 받아야 한다.
제8조 (부대와 부서의 설치)
① 사령부에 필요한 참모부서와 부대를 둔다.
② 제1항에 따른 참모부서의 설치와 업무 분장에 관한 사항은 공군참모총장이 정하고, 부대의 설치ㆍ임무 및 조직에 관한 사항은 국방부장관이 정한다.
제9조 (정원)
사령부에 두는 군인 및 군무원의 정원은 국방부장관이 정한다.